با توجه به ماده ۳ دستورالعمل اجرايي موضوع ماده ۲۲ آيين نامه اجرايي قانون حمايت از شرکت ها و مؤسسات دانش بنيان و تجاری سازی نوآوری ها و اختراعات مصوب ۵/ ۸/ ۸۹ مجلس شورای اسلامی مورخ ۱۶/ ۱۱/ ۹۲ ، تنها بخشی از درآمدهای شرکت که توسط کارگروه ارزیابی و تشخیص شرکتها و موسسات دانش بنیان به عنوان فعالیت دانش بنیان شرکت تایید و در سال مالی مشخص به سازمان امور مالیاتی ارسال شده باشد، از معافیت مالیاتی شرکتها و موسسات دانش بنیان معاف خواهد بود.
به عبارت دیگر با توجه به دستورالعمل مذکور، کارگروه مصادیق فعالیتهای دانش بنیان هر شرکت را به صورت سالانه و پس از ارزیابیهای دوره ای و دریافت مستندات لازم طبق ضوابط مقرر به سازمان امور مالیاتی ارسال مینماید.